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Article dans une revue
Reducing diagnostic turnaround times of exome sequencing for families requiring timely diagnoses
Aurélie Bourchany
1, 2
Christel Thauvin-Robinet
1, 3
Daphne Lehalle
1, 3
Ange-Line Bruel
1
Paul Masurel-Paulet
1, 3, 4
Nolwenn Jean
1, 3, 4
Sophie Nambot
3, 4, 1
Marjorie Willems
5
Laetitia Lambert
6
Salima El Chehadeh-Djebbar
7
Elise Schaefer
7
Aurélia Jaquette
8
Judith St-Onge
1
Charlotte Poe
1
Thibaud Jouan
1
Martin Chevarin
1
Patrick Callier
1, 9
Anne-Laure Mosca-Boidron
9, 1
Nicole Laurent
10
Mathilde Lefebvre
1
Frédéric Huet
2, 1
Nada Houcinat
3, 1
Sébastien Moutton
3, 1
Christophe Philippe
1, 9
Frédéric Tran-Mau-Them
1, 9
Antonio Vitobello
9
Paul Kuentz
1
Yannis Duffourd
1
Jean-Baptiste Rivière
1, 9
Julien Thevenon
1, 3, *
Laurence Faivre
3, 1, *
*
Auteur correspondant
Aurélie Bourchany 1, 2
Auteur
Christel Thauvin-Robinet 1, 3
Auteur
Daphne Lehalle 1, 3
Auteur
Ange-Line Bruel 1
Auteur
Paul Masurel-Paulet 1, 3, 4
Auteur
Nolwenn Jean 1, 3, 4
Auteur
Sophie Nambot 3, 4, 1
Auteur
Marjorie Willems 5
Auteur
Laetitia Lambert 6
Auteur
Salima El Chehadeh-Djebbar 7
Auteur
Elise Schaefer 7
Auteur
Aurélia Jaquette 8
Auteur
Patrick Callier 1, 9
Auteur
Anne-Laure Mosca-Boidron 9, 1
Auteur
Nicole Laurent 10
Auteur
Mathilde Lefebvre 1
Auteur
Frédéric Huet 2, 1
Auteur
Nada Houcinat 3, 1
Auteur
Sébastien Moutton 3, 1
Auteur
Christophe Philippe 1, 9
Auteur
Frédéric Tran-Mau-Them 1, 9
Auteur
Antonio Vitobello 9
Auteur
Paul Kuentz 1
Auteur
Yannis Duffourd 1
Auteur
Jean-Baptiste Rivière 1, 9
Auteur
Julien Thevenon 1, 3
Auteur correspondant
Laurence Faivre 3, 1
Auteur correspondant
1
Equipe GAD (LNC - U1231) (Université de Bourgogne - Faculté de médecine - 7, Bld Jeanne d'Arc - BP 87900 - 21079 DIJON CEDEX - France)
- LNC - Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (Université de Bourgogne - Faculte de medecine - 7, boulevard Jeanne d'Arc - BP 87900 - 21079 Dijon Cedex - France)
- UB - Université de Bourgogne (Maison de l'université - Esplanade Érasme - BP 27877 - 21078 Dijon cedex - France)
- AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement : UMR_S 866 (26 Boulevard du Dr Petitjean - BP 87999 - 21079 Dijon cedex - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1231 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
2
Service de pédiatrie (CHU de Dijon) (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel, 21079 Dijon - France)
- CHU Dijon - Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - 21079 Dijon - France)
3
Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon) (CHU de Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - BP 77908 - 21079 DIJON Cedex - France)
- CHU Dijon - Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - 21079 Dijon - France)
4
FHU TRANSLAD (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - BP 77908 - 21079 Dijon - - France)
- CHU Dijon - Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - 21079 Dijon - France)
5
Département génétique méd, mal rares et médecine personnalisée [CHRU de Montpellier] (France)
- Pôle Biologie-Pathologie [CHRU Montpellier] (191 avenue du Doyen Gaston Giraud - 34295 Montpellier - France)
- CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (191 avenue du doyen Gaston Giraud 34295 Montpellier cedex 5 - France)
6
Service de Médecine Infantile III et Génétique Clinique [CHRU Nancy] (54511 Vandoeuvre les Nancy - France)
- CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (Siège social : 29 avenue du Maréchal de Lattre de Tassigny, CO 60034, 54035 NANCY CEDEX Hôpital Central : 29 Avenue du Maréchal de Lattre de Tassigny, 54035 Nancy Hôpitaux de Brabois / Enfants : Rue du Morvan, 54500 Vandœuvre-lès-Nancy Maternité régionale :10 Avenue Dr Heydenreich, 54000 Nancy - France)
8
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] (47-83 Boulevard de l'Hôpital, 75013 Paris - France)
- Sorbonne Université (France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
9
LGMR - Laboratoire de génétique des maladies rares. Pathologie moleculaire, etudes fonctionnelles et banque de données génétiques (IURC 641, avenue du doyen gaston giraud CHU montpellier 34093 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- UM1 - Université Montpellier 1 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- IFR3 (France)
- UM1 - Université Montpellier 1 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U827 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- UM - Université de Montpellier : EA 7402 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
10
Service de Pathologie [CHU de Dijon] (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - 21079 Dijon - France)
- CHU Dijon - Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon - 14 rue Paul Gaffarel - 21079 Dijon - France)
Abstract : BACKGROUND AND OBJECTIVE:
Whole-exome sequencing (WES) has now entered medical practice with powerful applications in the diagnosis of rare Mendelian disorders. Although the usefulness and cost-effectiveness of WES have been widely demonstrated, it is essential to reduce the diagnostic turnaround time to make WES a first-line procedure. Since 2011, the automation of laboratory procedures and advances in sequencing chemistry have made it possible to carry out diagnostic whole genome sequencing from the blood sample to molecular diagnosis of suspected genetic disorders within 50 h. Taking advantage of these advances, the main objective of the study was to improve turnaround times for sequencing results.
METHODS:
WES was proposed to 29 patients with severe undiagnosed disorders with developmental abnormalities and faced with medical situations requiring rapid diagnosis. Each family gave consent. The extracted DNA was sequenced on a NextSeq500 (Illumina) instrument. Data were analyzed following standard procedures. Variants were interpreted using in-house software. Each rare variant affecting protein sequences with clinical relevance was tested for familial segregation.
RESULTS:
The diagnostic rate was 45% (13/29), with a mean turnaround time of 40 days from reception of the specimen to delivery of results to the referring physician. Besides permitting genetic counseling, the rapid diagnosis for positive families led to two pre-natal diagnoses and two inclusions in clinical trials.
CONCLUSIONS:
This pilot study demonstrated the feasibility of rapid diagnostic WES in our primary genetics center. It reduced the diagnostic odyssey and helped provide support to families.
Copyright © 2017 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
Type de document :
Article dans une revue
Domaine :
Liste complète des métadonnées
https://hal-univ-bourgogne.archives-ouvertes.fr/hal-01626052
Contributeur : Lnc - Université de Bourgogne <>
Soumis le : lundi 30 octobre 2017 - 11:34:22
Dernière modification le : vendredi 11 décembre 2020 - 03:18:16
Contributeur : Lnc - Université de Bourgogne <>
Soumis le : lundi 30 octobre 2017 - 11:34:22
Dernière modification le : vendredi 11 décembre 2020 - 03:18:16
Identifiants
- HAL Id : hal-01626052, version 1
- DOI : 10.1016/j.ejmg.2017.08.011
- PUBMED : 28807864
Collections
Citation
Aurélie Bourchany, Christel Thauvin-Robinet, Daphne Lehalle, Ange-Line Bruel, Paul Masurel-Paulet, et al.. Reducing diagnostic turnaround times of exome sequencing for families requiring timely diagnoses. European Journal of Medical Genetics, Elsevier, 2017, 60 (11), pp.595 - 604. ⟨10.1016/j.ejmg.2017.08.011⟩. ⟨hal-01626052⟩
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