Évaluation du kit de PCR en temps réel MycoGENIE ® Pneumocystis jirovecii pour le diagnostic moléculaire de la pneumocystose
Résumé
Pneumocystis jirovecii (Pj) est un champignon pathogène opportuniste strictement humain. Il colonise transitoirement et sans symptôme l’arbre respiratoire des patients immunocompétents, et peut être responsable d’infections pulmonaires sévères chez les patients immunodéprimés. Le diagnostic biologique de pneumocystose repose sur la mise en évidence du pathogène à l’examen direct d’un prélèvement pulmonaire profond. Si l’examen direct manque souvent de sensibilité, de nombreuses techniques de PCR se sont développées pour améliorer la sensibilité de détection du champignon. Les techniques de PCR quantitatives (qPCR) permettent de quantifier la charge fongique dans le prélèvement, et potentiellement de différencier la colonisation de l’arbre respiratoire par Pj d’une véritable infection généralement associée à une charge fongique plus élevée.
L’objectif de notre travail était d’évaluer les performances du kit MycoGENIE® P. jirovecii (Ademtech) dans le diagnostic de la pneumocystose en comparaison avec la technique de qPCR utilisée en routine au laboratoire de parasitologie-mycologie du CHU de Dijon.
Soixante-dix-huit échantillons respiratoires (72 LBA, 3 ATP, 3 crachats) ont été testés en parallèle : 46 échantillons rétrospectifs (prélevés entre janvier 2016 et juin 2016 et conservés à −80 °C) et 32 échantillons prospectifs prélevés entre juillet 2016 et septembre 2016. Les 78 échantillons ont été extraits par l’automate Magtration System 12GC® (Bionobis). Les deux techniques de PCR utilisées dans notre étude ciblaient la même séquence d’ADN de 79 pb du gène mitochondrial codant la grosse sous-unité de l’ARN ribosomal (mtLSU rRNA). Les PCR ont été réalisées sur l’automate LC480 II (Roche Diagnostics). Le test MycoGENIE® Pj contenait une gamme étalon permettant de quantifier la charge fongique du prélèvement en nombre de copies/mL ainsi qu’un contrôle interne d’inhibition. Le kit est marqué CE-IVD.
Sur les 46 échantillons testés rétrospectivement, 36 étaient positifs et 9 étaient négatifs par les deux techniques. Un seul résultat était discordant (négatif avec la technique de notre laboratoire et positif avec le kit MycoGENIE® Pj). Les résultats des 32 échantillons testés prospectivement étaient concordants (12 positifs et 20 négatifs). La concordance entre les 2 tests est donc de 98,7 %. Aucun inhibiteur n’a été détecté avec le kit MycoGENIE® Pj. La détection de l’ADN a été plus précoce pour l’ensemble des échantillons positifs avec le kit MycoGENIE® Pj, avec un seuil de détection plus précoce en moyenne de 1,2 cycle. Le résultat discordant concernait un patient atteint d’une leucémie aiguë myéloblastique en aplasie post-inductive intensive pour lequel la radiologie et la clinique orientaient le diagnostic vers une pneumopathie interstitielle hypoxémiante et bilatérale.
La quantification de l’ADN n’a pas permis de définir de seuil pour différencier pneumocystose maladie et colonisation : des taux très faibles ont été retrouvés chez des patients dont le diagnostic retenu était une pneumocystose ; à l’inverse, des taux élevés d’ADN de Pj étaient observés chez des patients considérés comme colonisés. D’autres éléments comme le terrain, l’aspect radiologique, la clinique et d’autres marqueurs biologiques (ex. β-glucanes) devraient être pris en compte pour préciser le diagnostic de pneumocystose ou de colonisation à Pj.